Em Prototype você entra no mundo de Alex Mercer, um rapaz que não possui nenhuma memória de seu passado e, de um dia para o outro, se vê perseguido por uma misteriosa organização.
Em uma dessas perseguições seus poderes acordam, poderes que ele obteve através de tecnologias desconhecidas, capazes de manipular objetos sombrios e até mesmo modificar o seu corpo.
Agora cabe ao jogador escolher se Alex se vinga do mundo ou livra o planeta de seus captores.