Em Red Faction: Guerrilla você é Alec Mason, um guerrilheiro, membro do grupo secreto Red Faction que tem apenas um objetivo: liberar marte.
De quem? Bom, do planeta Terra.
A toda poderosa Earth Defense Force (Força de Defesa Terrestre) tomou controle da colônia de Marte e coloca os habitantes mineradores sob um regime de pura opressão. Assim, você empunha seu poderoso martelo e parte para liberar os oito setores do planeta vermelho.