Kingdom Hearts 358/2 Days trata de Roxas, uma espécie de reflexo do protagonista Sora criado durante os momentos finais do primeiro jogo.
Sozinho e sem memórias de seu passado, Roxas acaba se aproximando da sombria Organization XIII, que se empenha na criação do lendário mundo "Kingdom Hearts".
Enquanto todos os membros da tal organização supostamente não possuem sentimentos, inclusive Roxas, à medida que ele vai descobrindo os verdadeiros motivos de seus comandantes, também se vê apegado a dois membros que passam a chamá-lo de amigo.